江涛团队发现脑胶质瘤预后标志物SV40和WMSV

作者:  时间:2018-07-20  热度:

  近年来,RNA测序(RNA-seq)被证明是有效的病毒-肿瘤关系的新方法。为了探究病毒与胶质瘤之间的相关性,该研究对中国胶质瘤基因组图谱项目(CGGA)的325例mRNA测序数据进行了细致的分析。

  首先,筛选出不能比对到人基因组的序列,并尝试将这些序列比对到病毒基因组,筛选潜在的病毒来源的本。然后,根据基因组大小和测序深度来定量计算(VPKM)每个本的表达量,通过聚类分析,发现大部分病毒基因倾向于在某些特定患者中表达。

  为获得更多发现,研究团队以感染与否为分组依据,对患者进行分析后,发现感染了猿猴病毒40(SV40)或羊猴肉瘤病毒(WMSV)的患者比未感染的患者有着更短的总期。为更好的评价病毒和临床预后的关系,研究团队应用多变量Cox比例风险模型来评估SV40和WMSV的预后价值,发现在低级别胶质瘤中,无论SV40还是WMSV,都是预测患者的预后因素。随后的基因分析表明,SV40与调控基因表达的负调控相关,而WMSV与肿瘤细胞的频繁增殖和细胞周期有关。

  该研究,脑胶质瘤的预后和是否有病毒感染有密切关系,SV40和WMSV两种病毒可作为低级别胶质瘤的预后标志物,为脑胶质瘤的靶向治疗提供了有力的依据。

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