医院建于1948年，前身为浙江省立衢州医院，现为国家三级乙等综合性医院，是浙西地区临床医疗、急诊急救、临床教学、临床科研和保健康复的中心。医院核定730床位张，设有20个病区和监护中心，统一配置中央空调、中心供氧、中心吸引、空气净化、物流传输等现代化设施。医院现有在编职工1000多人，其中高级职称132人。专科设置齐全，技术力量雄厚。拥有省级名医1人，市级名医11人，市级学科带头人24名。
医院拥有1.0T超导核磁共振、高速螺旋CT、数字减影血管造影机、影像网络系统、全身彩超、医用电子直线加速器、近距离遥控后装机、全自动生化分析仪、免疫发光仪、细菌鉴定仪、动态心电分析仪、各种系列电子消化内窥镜、多功能麻醉机、多功能监护仪、系列手术内窥镜、远程医疗会诊系统等现代化医疗设备，价值1.1亿元。
医院近五年来承担市级以上科研项目280多项，每年都有大批科研成果获奖，其中以介入放射学、显微外科、骨关节病手术、神经内外科、泌尿外科、腹腔镜等微创外科手术为代表的一系列学科已跨入省内先进行列。
医院除承担浙西地区临床的医、教、研、防任务外还主持衢州市放射质控中心、检验质控中心、病理质控中心、麻醉质控中心、临床护理质控中心、临床急救中心、院感质控中心、医疗设备管理中心、心脑防办、肿瘤防办、糖尿病防办的日常工作。
2005年初，经省卫生厅批复，医院增挂“衢州中心医院”牌子。2006年11月，总占地68亩，被列为市政府重点项目的分院建设项目一期工程（床位设置120张，以感染性疾病防治为特色）已通过验收，标志着医院建设和综合实力又将迈上新的台阶。
