值得关注的是，经基金委调查，第三方中介机构在这些学术不端的案例中扮演重要角色——上述28篇被撤销的论文，都是委托第三方中介机构进行“润色”并投稿，更有甚者部分论文完全是通过买卖请人代写代投；会上通报的8个科研不端典型案例，又涉及伪造论文审稿人邮箱、提供虚假审稿意见、操控论文同行评议过程等行为。
这批论文为何被撤稿？基金委党组书记、主任杨卫指出，问题在于“同行评议涉嫌造假”——第三方中介机构在代人投稿的过程中，虚构了同行评议专家的信息，通过“幽灵”评审向期刊和出版社等审稿平台提供编造的评审意见。
中国青年报·中青在线记者查询发现，全国企业信用信息公示系统显示，上海丰核公司的法定代表人是臧卫东。2015年1月23日之前，该公司的法定代表人是王立山。2015年7月9日，上海丰核公司因未依照《企业信息公示暂行条例》规定的期限公示2014年度报告被列入经营异常名录。同年7月29日，在补报未报年份的年度报告并公示后其被移出经营异常名录。
能够提供SCI论文代投甚至代写的公司并不少见。中国青年报·中青在线记者找到一家名为“LetPub”的网站，其明确称，会对论文构思、主题确定、内容组织、全文完善、发表支持等进行全程“一条龙式”的专业指导服务。有类似业务的上海沃登生物科技有限公司则提供“SCI论文发表‘全程服务’”，包含论文编写、选刊投稿、审稿人回复、修回等直到文章成功发表等业务。
“影响因子比较高的刊物，比如影响因子在前20的，有许多根本不实行所谓的同行评议。”江晓原说，“他们的办刊机制和我们这里的科普杂志一样，没有编委会，也不实行我们这里所想象的同行匿名审稿制度。比如《自然》杂志，现任主编菲利普·坎贝尔在2014年接受果壳网专访时，又一次特别声明《自然》‘从不设编委会’，而且‘自然集团的所有期刊都这样’；坎贝尔以此为荣，他觉得没有编委会才能有独立的思想，不会被学术界的人左右。”
江晓原告诉中国青年报·中青在线记者，现在很多的杂志没有纸质版，都是所谓的在线发表，如此一来，每期杂志里论文数量基本没有限制，也就造成了编委会审稿的负担。审稿“外包”，弊端就出现了——“这些公司并不是我们所想的真正的学术共同体成员，一旦外包出去其实就不再是同行评议了。”
他解释，外包的商业公司衍生了新的审稿模式，让投稿人自行推荐几位审稿人，外包公司会从中找人审稿。投稿者需要提供审稿人的邮箱，于是便有人自己注册了另外的邮箱，编造出子虚乌有的审稿人。外包公司的审稿人将要审的稿子发到邮箱里，实际上是发到了作者本人那里，或是发到代笔的公司去。顺理成章地，会收到正面的审稿意见反馈。而同行评议演变成弄虚作假的行为。
