目前，根据JCR分区表对SCI论文进行评价的模式已被国内部分高校和科研机构采纳，因为它有利于鼓励科研工作者向本学科的高级区域投稿。国内主流参考的SCI分区依据主要有中科院JCR分区表以及汤森路透JCR的Journal Ranking分区两种。其中，中科院期刊分区表则被更多的机构采纳以作为科研评价的指标。
由于不同学科之间的SCI期刊很难进行比较和评价，中国科学院国家科学图书馆世界科学前沿分析中心（原中国科学院文献情报中心），对目前SCI核心库加上扩展库期刊的影响力等因素，以年度和学科为单位，对SCI期刊进行4个等级的划分。一般而言，发表在1区和2区的SCI论文，通常被认为是该学科领域的比较重要的成果。
大类学科：**医学、生物、农林科学、环境科学与生态学、化学、工程技术、数学、物理、地学、地学天文、社会科学、管理科学及综合性期刊，共13个大类。
需要注意的是，一本期刊只可属于一个大类学科，但是一本期刊却可以属于多个不同的小类学科。例如期刊Advanced Materials，只属于“工程技术”的大类学科，但具体可进一步细分为5个小类学科。
LetPub统计了JCR2014发布的8618种SCI期刊在各中科院大类分区下的数量，其中医学类、工程技术类、生物类的期刊总数最多。
中科院期刊分区依据也是基于一个期刊的影响因子，但是采用的是三年平均影响因子，优点是减少了有些期刊影响因子逐年波动较大带来的不稳定因素。
具体方法：根据13个大类学科，分别将各大类的SCI期刊由3年平均影响因子划分为1区（最高区）、2区、3区和4区四个等级。中科院分区的1区到4区的期刊数量不等，呈金字塔状分布。前5%为该类1区、6%～20% 为2区、21%～50%为3区，其余为4区。
中科院分区表的大类分区中还会遴选出一些优秀的Top期刊：1区期刊直接划入Top范围内；2区中2年总被引频次指标位于前10%的期刊也归入Top期刊集合。
汤森路透JCR的Journal Ranking没有设置大类学科，只分为176个具体学科，也就是中科院分区表中所指的小类学科。
Journal Ranking以当年的影响因子为基础，每个学科分类按照期刊的当年的影响因子高低，平均分为Q1、Q2、Q3和Q4四个区，Q表示Quartile in Category。汤森路透分区中期刊的数量是均匀分为四个部分，而中科院分区表四个区呈金字塔型分布，缺点是一区期刊数太少。
中科院分区表是基于JCR的数据，但对于JCR中期刊刊名更名/合并的情况进行数据规范处理。对于变更刊名的期刊，JCR会保留两个刊名，会计算两个影响因子。中科院分区表会将变更前期刊数据合并到变更后的期刊，且重新计算影响因子，只保留变更后刊名和ISSN。
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