生物信息学发展迅猛,公共数据库中存放着海量的数据,如何利用这些公共数据结合自己的实验发一篇SCI?基因家族分析无疑是个低投入、高产出的好选择。今天我们就拿2018年发表的一篇文献跟大家聊聊这类文章是怎么做的!(文末有视频教程)
纵观全文,其主要的分析内容包含了常规的基因家族流程分析、转录组表达量分析及荧光定量PCR分析,文章刊发在2018的《BMC Genomics》(IF为3.7)上,下面是文章解读:
1、通过HMM搜索然后确定包含ACD domain的序列,并且分子量在15–42kDa范围之内,鉴定到48个马铃薯Hsp20基因家族成员。
2、分析了Hsp20基因家族成员在进化上的关系,构建进化树时添加了水稻、大豆、水稻、杨树的Hsp20基因并且将StHsp20-29去掉(与其他序列的差异太大),进化树分成了12个亚族。
3,Hsp20 基因结构,将基因结构与进化树及motif汇整了一张图片。
5、与胁迫相关的启动子区域顺式作用元件预测,利用在线工具()搜索了Hsp20基因家族成员启动子区域的顺式作用元件,发现StHsp20s除StHsp20-41外至少具有一种与胁迫相关顺式元件。
6、利用转录组数据对Hsp20基因家族成员进行表达分析,除了StHsp20-2和StHsp20-45之外的基因在各种组织和器官中均有表达。
如果您也有类似的实验材料,也想做相关的分析,可以通过下方链接进入学习,适合生信基础较弱同学。