1. 检查课程学习计划
进入最后一学年，研究生本人要认真检查是否已全部完成个人培养计划中的课程学习，所修学分是否满足学科培养方案的要求。
2. 检查科研论文成果及学术论文发表情况
参见“研究生在学期间发表学术论文基本要求”。
完成个人培养计划、满足学科培养方案要求的硕士研究生，可以提出硕士学位论文答辩申请。学校每年分两批定期进行硕士生论文答辩及学位授予的有关工作。
3. 完成论文初稿
至少在答辩前五周应完成学位论文初稿，由指导教师对论文的总体结构、内容、水平和论文格式进行审查把关，决定是否同意申请答辩。
4. 论文格式审查
经导师同意申请论文答辩的研究生，至少于答辩前四周向所在单位研究生主管部门提出答辩申请。由院（系、所）教学主管主任负责安排对论文格式进行审查，合格后领取“学位审批材料”，个人填写相关内容后，由导师签署意见。
5. 学科专业负责人审批，并拟订论文评阅人与答辩委员会成员
学科专业负责人（教研室主任或研究所所长）在听取导师意见的基础上，对论文内容和水平把关，审查合格后签署意见，并与导师共同协商，拟订聘请答辩委员会成员和论文评阅人（参见论文评阅要求和答辩委员会组成），报请学位评定分委员会主席批准。
6. 密级审定
研究生学位论文的密级应在与导师充分协商的基础上，按照国家保密局颁发的《国家秘密及其密级具体范围的规定》慎重确定，并报所在单位主管科研的负责人对论文进行密级审定，并签署意见。密级有内部、秘密、机密三种。学位论文密级的确定及处理办法参见“清华大学涉密研究生毕业（学位）论文管理办法”及“清研生字[2001]第08号通知”。
当论文被确定为涉密研究生学位论文时，研究生应在导师指导下，分别写成正本和副本两个部分。论文正本内容可以公开，可用于送审评阅、论文答辩和正常报送材料。论文副本在封面右上角注明具体密级和保密期限，按“清华大学涉密研究生毕业（学位）论文管理办法”处理。
7. 主管主任审批
审批材料送所在单位研究生主管主任审批。
8. 论文评阅
至少于答辩前三周将学位论文（含涉密学位论文正本）送两位评阅人和指导教师评阅，在答辩前10天收回评阅意见。
9. 学位评定分委员会主席审批
答辩前至少一周将学位审批材料（包括导师和评阅人的评阅意见、答辩委员会组成名单等）送所在学科学位评定分委员会主席审批。
10. 抽样检查
研究生院每学期对申请毕业研究生的学位论文进行抽查。被随机确定为抽查的学位论文作者，应于答辩前一周，将答辩时间和地点以书面形式报送校研究生院培养办公室备案，同时将论文及全部学位审批材料交研究生院培养办公室审查。被抽查学位论文的研究生答辩事宜，见“对毕业研究生学位论文和答辩实行抽样检查的规定”。
11. 申请优秀硕士论文
欲申请优秀硕士论文时，须填写“优秀硕士学位论文审批表”，并另外将2册学位论文交所在单位研究生管理部门，由教学主管主任负责组织本学科专家组（3~5名），对论文写出评语和推荐意见，报学位评定分委员会审批。
12. 答辩
参见“硕士学位论文答辩会程序”。
13. 上网报盘及报送材料
